目前巴西全国有５４个国家公园和３００个自然保护区。自然保护区和国家森林公园的建立程序为：大学等机构进行考察，提出建设国家公园和自然保护区的必要，提交给巴西环境保护部下属的巴西环境研究所，巴西环境研究所指派一名人员，作为国家公园和自然保护区的负责人，与当地社区、相关国际组织和政府部门共同努力制定国家公园、自然保护区的总体计划。国家公园和自然保护区的主要来源为收取门票、国际组织的资助和企业捐赠，若企业捐赠，则企业可以获得税收优惠。所有门票收入上缴给巴西环境研究所，由负责在所有国家公园和自然保护区之间进行分配。

政府部门、非政府组织和农民在自然保护区与森林公园管理方面存在重大冲突。如在巴西、法属圭亚那和苏里南交界处，巴西政府于２００２年建立了国家公园，生活在公园边缘的农民仍然依赖国家公园维持生计，当地社区不希望建立国家公园，原因在于建立国家公园以后，他们的生计将受到威胁；同时政府应购买划入国家公园的私有土地，但是由于缺少资金，一直没有购买，在与当地社区存在冲突及缺少运作资金的情况下，此国家公园依然停留在纸面上。